Un equipo de investigación de la Estación Experimental del Zaidín (CSIC) de Granada ha desarrollado el primer buscador web de defensas bacterianas, una herramienta para ayudar a predecir su resistencia a antibióticos que sirve como «catálogo» de consulta
Estos investigadores han participado en la creación del primer buscador web en abierto, una base de datos llamada PADLOC que sirve como herramienta de consulta para que los científicos puedan identificar y clasificar los mecanismos biológicos de protección que emplean bacterias y arqueas.
De este modo, pueden analizar, simular y predecir cuestiones como su capacidad de resistir los efectos de los antibióticos.
Para usarlo sólo hay que introducir la secuencia del ADN del microorganismo que se quiere analizar y el programa identifica qué sistema de defensa posee, lo que permite simular, analizar y predecir, por ejemplo, cómo se defiende una especie de bacteria en un entorno de altas temperaturas o si se adapta o no al cambio.
«Conocer los mecanismos de defensa de las bacterias es fundamental porque nos da la oportunidad de intervenir, controlar o predecir la evolución de las cepas que resulten perjudiciales para otros seres vivos», ha explicado a la Fundación Descubre el investigador de la Estación Experimental del Zaidín (CSIC-Granada) Nicolás Toro.
Secuencian el genoma de las bacterias
En un estudio publicado en Nucleic Acids Research, el equipo ha detallado que aportan las secuencias de ADN de las bacterias Campylobacteria, principal causa de patologías diarreicas de transmisión alimentaria, y Spriochaetota, que produce la enfermedad de Lyme.
«Éstas poseen sistemas de defensa que emplean mecanismos biológicos complejos y poco comunes, por lo que suponen un añadido valioso a la herramienta PADLOC y permitirá a otros investigadores identificar estos patógenos y desarrollar estrategias para combatirlos«, ha indicado Toro.
Para introducir la información a la base de datos PADLOC, los investigadores españoles secuenciaron el genoma de las bacterias, obtuvieron su ADN y ARN y lo ensamblaron como si fueran las líneas de un libro.
Por último, identificaron cada gen y determinaron qué funciones ejercían para concluir cuál estaba implicado en activar el sistema inmune de las bacterias.
Una vez obtenida esta información, la introdujeron en la base de datos de PADLOC, cuya web funciona como un buscador en el que el científico introduce la secuencia genética de una bacteria y la herramienta busca coincidencias.
El buscador web PADLOC recopila todos los sistemas de defensa bacterianos conocidos gracias a un trabajo financiado, entre otros, con fondos de Nueva Zelanda.
